Έχουν βρεθεί σε ανασκαφές ορθογώνια σπίτια της προϊστορικής εποχής, καθώς και εγκαταστάσεις κατεργασίας χαλκού.
Η Ραφήνα ήταν ένας από τους 100 Δήμους των Αθηνών που όρισε ο Κλεισθένης, με το όνομα «Αραφήν».
Αυτό το όνομα το πήρε από τον πρώτο της κυβερνήτη, τον Αραφήνα, ο οποίος ήταν ένας από τους 100 ήρωες της Αττικής.
Ανασκαφές στην περιοχή βρήκαν επίσης στοιχεία από την Ρωμαϊκή περίοδο (οικοδομήματα, ρωμαϊκό λουτρό, αγάλματα).
Η αρχαία Ραφήνα βρισκόταν πάνω από το λιμάνι. Στη θέση Ασκηταριό (παραλία Μαρίκες) βρέθηκαν οχυρωμένοι οικισμοί της πρώιμης εποχής του Χαλκού.

Η σύγχρονη ιστορία της Ραφήνας αρχίζει το 1923, όταν οι κάτοικοι της Τρίγλιας Βιθυνίας της Μικράς Ασίας,
γενέτειρας του Iερομάρτυρα Μητροπολίτη Σμύρνης Αγίου Χρυσοστόμου, έφτασαν στην Ελλάδα,
με πλοία του Τριγλιανού εφοπλιστή Φίλιππου Καβουνίδη.

Το ελληνικό κράτος προχωρά σε απαλλοτρίωση του κτήματος Σκουζέ, το οποίο παραχωρείται στους Τριγλιανούς πρόσφυγες.
Αποκτώντας καινούργια πατρίδα , οι Τριγλιανοί, που διακρίνονται για τη δυναμική και το πνεύμα τους, οικοδομού
ν και αναβαθμίζουν μια νέα Ραφήνα. Ορισμένοι οικίσκοι παραχωρούνται σε πρόσφυγες Βουρλιώτες, Καραμανλήδες και άλλους.

Το 1928 συστήνεται η κοινότητα Ραφήνας, με μοναδικό σημαντικό οικισμό τη Διασταύρωση Ραφήνας ,
που πριν ακόμα από των ερχομό των προσφύγων κατοικείτο από εργάτες λιγνιτωρυχείου (κατά πλειοψηφία Ευβοιώτες).
Την επόμενη δεκαετία η Ραφήνα χαρακτηρίζεται για την έντονη ανάπτυξη της παραθεριστικής κίνησης και την αξιοποίηση του λιμανιού.
Στα σκοτεινά χρόνια της γερμανικής Κατοχής,  τα ακρωτήρια κοντά στο λιμάνι της Ραφήνας γέμισαν πολυβολεία,
ενώ το ύψωμα στη νότια πλευρά του ρέματος μετατράπηκε από Ραφηνιώτες, που οι Γερμανοί έριξαν στα κάτεργα,
σε οχυρό, όπως μαρτυρεί και η σημερινή του ονομασία.  Παρόλα  αυτά από τη Ραφήνα εκτελούνταν
δρομολόγια διαφυγής στρατιωτικών και πολιτικών προσώπων.

Η μεταπολεμική περίοδος βρίσκει τη Ραφήνα σε μια απόλυτα επιτυχημένη προσπάθεια οικονομικής και κοινωνικής ανασυγκρότησης
που ενισχύεται κυρίως από τον εκσυγχρονισμό του λιμανιού , σειρά βασικών, λειτουργικών έργων και από την οικοδόμηση κτιρίων.
Γρήγορα άρχισαν να οικοδομούνται οι πρώτες παραθεριστικές κατοικίες, προσφέροντας εργασία σε πολλούς  από τους κατοίκους,
ενώ λειτούργησαν και τα πρώτα μικρά ξενοδοχεία.  Ο δρόμος Διασταύρωσης  Ραφήνας ασφαλτοστρώθηκε,  έγιναν γεωτρήσεις
και τοποθετήθηκαν βρύσες σε πολλές γωνίες του οικισμού, και ιδρύθηκε η Ηλεκτρική  Εταιρεία Ραφήνας των αδελφών Χρυσόγελου και το παγοποιείο.

Το 1994 η Ραφήνα γίνεται Δήμος. Η σημερινή Ραφήνα είναι μια πανέμορφη, παραθαλάσσια, σύγχρονη πόλη, που διατηρεί τ
ο χρώμα της και σέβεται την ταυτότητά της, αγαπάει τους κατοίκους της και προσελκύει πλήθος παραθεριστών και επισκεπτών.
Σήμερα η Ραφήνα αποτελεί ουσιαστικά προάστιο της Αθήνας, χάρη στην Αττική Οδό που βελτίωσε την πρόσβαση από το κέντρο της πόλης.